Software installed on Rocky 8

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As part of our August 29-31,2023 maintenance window, the GACRC will be upgrading the Sapelo2 cluster operating system from CentOS 7 to Rocky 8.

Because this is a major OS update, we need to recompile all the applications and ensure that they work with the new version of OS.

Below is a list of the modules already installed on the Rocky 8 system. More software packages continue to be installed. If the software you need is not in this list yet, please feel free to let us know, if you would like us to install it centrally on the updated cluster.

All singularity containers available in /apps/singularity-images on the current Sapelo2 (CentOS 7) will continue to be available after the maintenance.


List of software already installed centrally on the Rocky 8 system (new Sapelo2, available after the maintenance)

  3D-DNA/201008-foss-2021b-Python-2.7.18
  ABySS/2.3.5-foss-2021b
  ACTC/1.1-GCCcore-11.2.0
  ADMIXTURE/1.3.0
  AGAT/0.9.2-GCC-11.2.0
  AGAT/1.1.0                                          (D)
  AMOS/3.1.0-foss-2021b
  ANTLR/2.7.7-GCCcore-11.2.0-Java-11
  ANTs/2.4.4-foss-2021b
  APR-util/1.6.1-GCCcore-11.2.0
  APR/1.7.0-GCCcore-11.2.0
  ART/2016.06.05-GCC-11.2.0
  ASE/3.22.1-foss-2021b
  ASTRAL/5.7.8-Java-1.8.0_241
  ATK/2.36.0-GCCcore-11.2.0
  ATK/2.38.0-GCCcore-11.3.0                           (D)
  AUGUSTUS/3.4.0-foss-2021b
  Amber/22.0-foss-2021b-AmberTools-22.3-CUDA-11.4.1
  Anaconda3/2022.10
  Archive-Zip/1.68-GCCcore-11.2.0
  Armadillo/11.4.3-foss-2021b
  Arrow/8.0.0-foss-2021b
  Autoconf/2.69-GCCcore-8.3.0
  Autoconf/2.69-GCCcore-10.2.0
  Autoconf/2.71-GCCcore-11.2.0
  Autoconf/2.71-GCCcore-11.3.0
  Autoconf/2.71-GCCcore-12.2.0                        (D)
  Automake/1.16.1-GCCcore-8.3.0
  Automake/1.16.2-GCCcore-10.2.0
  Automake/1.16.4-GCCcore-11.2.0
  Automake/1.16.5-GCCcore-11.3.0
  Automake/1.16.5-GCCcore-12.2.0                      (D)
  Autotools/20180311-GCCcore-8.3.0
  Autotools/20200321-GCCcore-10.2.0
  Autotools/20210726-GCCcore-11.2.0
  Autotools/20220317-GCCcore-11.3.0
  Autotools/20220317-GCCcore-12.2.0                   (D)
  BBMap/38.98-GCC-11.2.0
  BCFtools/1.14-GCC-11.2.0
  BEDOPS/2.4.41-foss-2021b
  BEDTools/2.30.0-GCC-11.2.0
  BLAST+/2.2.31
  BLAST+/2.12.0-gompi-2021b
  BLAST+/2.13.0-gompi-2021b
  BLAST+/2.13.0-gompi-2022a                           (D)
  BLAST/2.2.26-Linux_x86_64
  BLAT/3.5-GCC-11.2.0
  BLAT/3.7-GCC-11.3.0                                 (D)
  BLIS/0.8.1-GCC-11.2.0
  BLIS/0.9.0-GCC-11.3.0                               (D)
  BRAKER/2.1.6-foss-2021b
  BRIG/0.95-gompi-2021b-Java-1.8.0_241
  BUSCO/5.4.3-foss-2021b
  BWA/0.7.17-GCCcore-11.2.0
  BamTools/2.5.2-GCC-11.2.0
  BamUtil/1.0.15-foss-2021b
  Bandage/0.9.0-GCCcore-11.2.0
  BayeScan/2.1-foss-2019b
  Bazel/3.7.2-GCCcore-11.2.0
  Bazel/4.2.2-GCCcore-11.2.0
  Bazel/5.1.1-GCCcore-11.3.0                          (D)
  Beagle/5.4.22Jul22.46e-Java-11
  Beast/2.7.1-foss-2021b-CUDA-11.4.1
  BigDFT/1.9.1-foss-2021b
  Bio-DB-HTS/3.01-GCC-11.2.0
  BioPerl/1.7.8-GCCcore-11.2.0
  Biopython/1.79-foss-2021b
  Biopython/1.79-foss-2022a
  Biopython/1.81-foss-2021b                           (D)
  Bismark/0.23.1-foss-2021b
  Bison/3.3.2-GCCcore-8.3.0
  Bison/3.3.2
  Bison/3.7.1-GCCcore-10.2.0
  Bison/3.7.6-GCCcore-11.2.0
  Bison/3.8.2-GCCcore-11.3.0
  Bison/3.8.2-GCCcore-12.2.0
  Bison/3.8.2                                         (D)
  Blosc/1.21.3-GCCcore-11.2.0
  Boost.Python/1.77.0-GCC-11.2.0
  Boost/1.75.0-GCC-11.2.0
  Boost/1.77.0-GCC-11.2.0
  Boost/1.79.0-GCC-11.3.0                             (D)
  Bowtie/1.3.1-GCC-11.2.0
  Bowtie/1.3.1-GCC-11.3.0                             (D)
  Bowtie2/2.4.4-GCC-11.2.0
  Bowtie2/2.4.5-GCC-11.2.0
  Bowtie2/2.4.5-GCC-11.3.0                            (D)
  Bracken/2.7-GCCcore-11.2.0
  Brotli/1.0.9-GCCcore-11.2.0
  Brotli/1.0.9-GCCcore-11.3.0                         (D)
  CD-HIT/4.8.1-GCC-11.2.0
  CD-HIT/4.8.1-GCC-11.3.0                             (D)
  CFITSIO/3.49-GCCcore-11.2.0
  CGAL/4.14.3-gompi-2021b
  CGmapTools/0.1.2-foss-2021b
  CMake/3.12.1
  CMake/3.21.1-GCCcore-11.2.0
  CMake/3.22.1-GCCcore-11.2.0
  CMake/3.23.1-GCCcore-11.3.0
  CMake/3.24.3-GCCcore-11.3.0                         (D)
  CUDA/11.3.1
  CUDA/11.4.1
  CUDA/11.7.0
  CUDA/12.0.0                                         (D)
  CapnProto/0.9.1-GCCcore-11.2.0
  CellRanger/7.0.0
  Centrifuge/1.0.4-gompi-2021b
  Cereal/1.3.0
  Check/0.15.2-GCCcore-11.2.0
  CheckM/1.1.3-foss-2021b
  Chimera/1.16-linux_x86_64
  Circos/0.69-9-GCCcore-11.2.0
  Clang/13.0.1-GCCcore-11.2.0
  Clustal-Omega/1.2.4-GCC-11.2.0
  ClustalW2/2.1-GCC-11.2.0
  Consed/29.0-foss-2021b
  CoordgenLibs/3.0.1-gompi-2021b
  CppUnit/1.15.1-GCCcore-11.2.0
  Cufflinks/20190706-GCC-11.2.0
  Cytoscape/3.9.1-Java-11
  DB/18.1.32-GCCcore-8.3.0
  DB/18.1.40-GCCcore-10.2.0
  DB/18.1.40-GCCcore-11.2.0
  DB/18.1.40-GCCcore-11.3.0
  DB/18.1.40-GCCcore-12.2.0                           (D)
  DBD-mysql/4.050-GCC-11.2.0
  DB_File/1.857-GCCcore-11.2.0
  DBus/1.13.18-GCCcore-11.2.0
  DBus/1.14.0-GCCcore-11.3.0                          (D)
  DIAMOND/2.0.13-GCC-11.2.0
  DIAMOND/2.0.15-GCC-11.2.0
  DIAMOND/2.1.0-GCC-11.3.0                            (D)
  DataWarrior/5.5.0
  DendroPy/4.5.2-GCCcore-11.2.0
  Deve-Size/0.83-GCCcore-11.2.0-Perl-5.34.0
  DockQ/1.0-foss-2022a
  Doxygen/1.9.1-GCCcore-11.2.0
  Doxygen/1.9.4-GCCcore-11.3.0                        (D)
  ELPA/2021.11.001-foss-2021b
  EMBOSS/6.6.0-foss-2021b
  ETE/3.1.2-foss-2021b
  EasyBuild/4.6.0
  Eigen/3.3.9-GCCcore-11.2.0
  Eigen/3.4.0-GCCcore-11.2.0
  Eigen/3.4.0-GCCcore-11.3.0                          (D)
  EnTAP/0.10.8-beta-foss-2021b
  Exonerate/2.4.0-GCC-11.2.0
  FASTX-Toolkit/0.0.14-GCC-11.2.0
  FFTW.MPI/3.3.10-gompi-2022a
  FFTW/3.3.8-gompi-2019b
  FFTW/3.3.10-GCC-11.3.0
  FFTW/3.3.10-gompi-2021b                             (D)
  FFmpeg/4.3.2-GCCcore-11.2.0
  FLAC/1.3.3-GCCcore-11.2.0
  FLAC/1.3.4-GCCcore-11.3.0                           (D)
  FLASH/2.2.00-GCC-11.2.0
  FLTK/1.3.7-GCCcore-11.2.0
  FSL/6.0.5.1-foss-2021b
  FTGL/2.4.0-GCCcore-11.3.0
  FastANI/1.33-GCC-11.2.0
  FastME/2.1.6.1-GCC-11.2.0
  FastQC/0.11.9-Java-11
  FastTree/2.1.11-GCCcore-11.2.0
  Flask/2.0.2-GCCcore-11.2.0
  Flask/2.2.2-GCCcore-11.3.0                          (D)
  FlexiBLAS/3.0.4-GCC-11.2.0
  FlexiBLAS/3.2.0-GCC-11.3.0                          (D)
  Flye/2.9.1-GCC-11.2.0
  FragGeneScan/1.31-GCCcore-11.2.0
  FreeImage/3.18.0-GCCcore-11.2.0
  FreeSurfer/7.4.1-foss-2021b
  FriBidi/1.0.10-GCCcore-11.2.0
  FriBidi/1.0.12-GCCcore-11.3.0                       (D)
  GATK/4.3.0.0-GCCcore-11.2.0-Java-11
  GATK/4.3.0.0-GCCcore-11.2.0-Java-13.0.2
  GATK/4.3.0.0-GCCcore-11.3.0-Java-11                 (D)
  GCC/8.3.0
  GCC/10.2.0
  GCC/11.2.0
  GCC/11.3.0
  GCC/12.2.0                                          (D)
  GCCcore/8.3.0
  GCCcore/10.2.0
  GCCcore/11.2.0
  GCCcore/11.3.0
  GCCcore/12.2.0                                      (D)
  GD/2.75-GCCcore-11.2.0
  GDAL/3.3.2-foss-2021b
  GDAL/3.5.0-foss-2022a                               (D)
  GDRCopy/2.3-GCCcore-11.2.0
  GDRCopy/2.3-GCCcore-11.3.0                          (D)
  GEOS/3.9.1-GCC-11.2.0
  GEOS/3.10.3-GCC-11.3.0                              (D)
  GLPK/5.0-GCCcore-11.2.0
  GLPK/5.0-GCCcore-11.3.0                             (D)
  GLib/2.69.1-GCCcore-11.2.0
  GLib/2.72.1-GCCcore-11.3.0                          (D)
  GLibmm/2.66.4-GCCcore-11.2.0
  GMAP-GSNAP/2021-21-17-GCC-11.2.0
  GMAP-GSNAP/2023-02-17-GCC-11.3.0                    (D)
  GMP/6.1.2-GCCcore-8.3.0
  GMP/6.2.1-GCCcore-11.2.0
  GMP/6.2.1-GCCcore-11.3.0                            (D)
  GObject-Introspection/1.68.0-GCCcore-11.2.0
  GObject-Introspection/1.72.0-GCCcore-11.3.0         (D)
  GROMACS/2021.5-foss-2021b-CUDA-11.4.1-PLUMED-2.8.0
  GSL/2.7-GCC-11.2.0
  GSL/2.7-GCC-11.3.0                                  (D)
  GST-plugins-base/1.18.5-GCC-11.2.0
  GStreamer/1.18.5-GCC-11.2.0
  GTK+/3.24.23-GCCcore-11.3.0
  GTK2/2.24.33-GCCcore-11.3.0
  GTK3/3.24.31-GCCcore-11.2.0
  GTS/0.7.6-GCCcore-11.2.0
  Gdk-Pixbuf/2.42.6-GCCcore-11.2.0
  Gdk-Pixbuf/2.42.8-GCCcore-11.3.0                    (D)
  GeneMark-ET/4.71-GCCcore-11.2.0
  GeneMarkS-T/5.1-GCCcore-11.2.0
  Genome/05012020-foss-2021b
  GenomeThreader/1.7.3-Linux_x86_64-64bit
  GenomeTools/1.6.2-GCC-11.2.0
  GffCompare/0.12.6-GCC-11.2.0
  Ghostscript/9.54.0-GCCcore-11.2.0
  Ghostscript/9.56.1-GCCcore-11.3.0                   (D)
  GitPython/3.1.24-GCCcore-11.2.0
  GlimmerHMM/3.0.4c-GCC-11.2.0
  Globus-CLI/3.6.0-GCCcore-11.2.0
  Go/1.17.6
  Grace/5.1.25-foss-2021b
  Graphviz/2.50.0-GCCcore-11.2.0
  Guile/3.0.7-GCCcore-11.2.0
  HDF/4.2.15-GCCcore-11.2.0
  HDF/4.2.15-GCCcore-11.3.0                           (D)
  HDF5/1.10.8-gompi-2021b
  HDF5/1.10.8-gompi-2022a
  HDF5/1.12.1-gompi-2021b
  HDF5/1.12.2-gompi-2022a                             (D)
  HEC-RAS/6.10
  HH-suite/3.3.0-gompi-2021b
  HISAT2/2.2.1-gompi-2021b
  HISAT2/2.2.1-gompi-2022a                            (D)
  HMMER/3.3.2-gompi-2021b
  HMMER/3.3.2-gompi-2022a                             (D)
  HPL/2.3-foss-2021b
  HTSeq/2.0.2-foss-2021b
  HTSlib/1.9-GCC-11.2.0
  HTSlib/1.14-GCC-11.2.0
  HTSlib/1.15.1-GCC-11.3.0                            (D)
  HarfBuzz/2.8.2-GCCcore-11.2.0
  HarfBuzz/4.2.1-GCCcore-11.3.0                       (D)
  HyPhy/2.5.33-gompi-2021b
  ICU/69.1-GCCcore-11.2.0
  ICU/71.1-GCCcore-11.3.0                             (D)
  IDBA-UD/1.1.3-GCC-11.2.0
  IGV/2.16.1-Java-11
  IPython/7.26.0-GCCcore-11.2.0
  IQ-TREE/2.2.1-gompi-2021b
  ISA-L/2.30.0-GCCcore-11.2.0
  ImageMagick/7.1.0-4-GCCcore-11.2.0
  ImageMagick/7.1.0-37-GCCcore-11.3.0                 (D)
  Infernal/1.1.4-foss-2021b
  Infernal/1.1.4-foss-2022a                           (D)
  InterProScan/5.62-94.0-foss-2021b
  JAGS/4.3.0-foss-2021b
  JasPer/2.0.33-GCCcore-11.2.0
  JasPer/2.0.33-GCCcore-11.3.0                        (D)
  Java/1.7.0_80
  Java/1.8.0_241
  Java/11.0.16                                        (11)
  Java/13.0.2                                         (13)
  Java/15.0.1                                         (15)
  Java/17.0.6                                         (D:17)
  Jellyfish/2.3.0-GCC-11.2.0
  Jellyfish/2.3.0-GCC-11.3.0                          (D)
  JsonCpp/1.9.4-GCCcore-11.2.0
  JsonCpp/1.9.5-GCCcore-11.3.0                        (D)
  Judy/1.0.5-GCCcore-11.2.0
  Judy/1.0.5-GCCcore-11.3.0                           (D)
  Julia/1.8.2-linux-x86_64
  Kalign/3.3.2-GCCcore-11.2.0
  Kent_tools/422-GCC-11.2.0
  KronaTools/2.8.1-GCCcore-11.2.0
  LAME/3.100-GCCcore-11.2.0
  LAME/3.100-GCCcore-11.3.0                           (D)
  LAMMPS/23Jun2022-foss-2021b-kokkos
  LAPACK/3.10.1-GCC-11.2.0
  LASTZ/1.04.15-foss-2021b
  LLVM/12.0.1-GCCcore-11.2.0
  LLVM/14.0.3-GCCcore-11.3.0                          (D)
  LMDB/0.9.29-GCCcore-11.2.0
  LMDB/0.9.29-GCCcore-11.3.0                          (D)
  LSD2/2.3-GCCcore-11.2.0
  LTR_retriever/2.9.0-foss-2021b-RepeatMasker-4.1.4
  LTR_retriever/2.9.0-foss-2021b                      (D)
  LZO/2.10-GCCcore-11.2.0
  LZO/2.10-GCCcore-11.3.0                             (D)
  LibTIFF/4.3.0-GCCcore-11.2.0
  LibTIFF/4.3.0-GCCcore-11.3.0                        (D)
  LightGBM/3.3.5-foss-2021b-CUDA-11.4.1
  LightGBM/3.3.5-foss-2021b                           (D)
  LittleCMS/2.12-GCCcore-11.2.0
  LittleCMS/2.13.1-GCCcore-11.3.0                     (D)
  LoFreq/2.1.3.1-foss-2021b-Python-2.7.18
  Lua/5.4.3-GCCcore-11.2.0
  M4/1.4.18-GCCcore-8.3.0
  M4/1.4.18-GCCcore-10.2.0
  M4/1.4.18
  M4/1.4.19-GCCcore-11.2.0
  M4/1.4.19-GCCcore-11.3.0
  M4/1.4.19-GCCcore-12.2.0
  M4/1.4.19                                           (D)
  MACS2/2.2.7.1-foss-2021b
  MAFFT/7.490-GCC-11.2.0-with-extensions
  MAFFT/7.490-gompi-2021b-with-extensions             (D)
  MCL/14.137-GCCcore-11.2.0
  MEGAN/6.24.23-Java-17
  MEME/5.4.1-gompi-2021b
  MEME/5.5.0-gompi-2021b                              (D)
  METIS/5.1.0-GCCcore-11.2.0
  MMseqs2/13-45111-gompi-2021b
  MMseqs2/14-7e284-gompi-2021b
  MMseqs2/14-7e284-gompi-2022a                        (D)
  MPFR/4.1.0-GCCcore-11.2.0
  MPFR/4.1.0-GCCcore-11.3.0                           (D)
  MUMmer/4.0.0beta2-GCCcore-11.2.0
  MUMmer/4.0.0rc1-GCCcore-11.2.0                      (D)
  MUSCLE/3.8.31-GCCcore-11.2.0
  Make-Lastz-Chains/0.9.1
  Mako/1.1.4-GCCcore-11.2.0
  Mako/1.2.0-GCCcore-11.3.0                           (D)
  MariaDB/10.6.4-GCC-11.2.0
  MariaDB/10.9.3-GCC-11.3.0                           (D)
  Mash/2.3-GCC-11.2.0
  Mesa/21.1.7-GCCcore-11.2.0
  Mesa/22.0.3-GCCcore-11.3.0                          (D)
  Meson/0.55.3-GCCcore-11.2.0
  Meson/0.58.2-GCCcore-11.2.0
  Meson/0.62.1-GCCcore-11.3.0                         (D)
  MetaEuk/6-GCC-11.2.0
  Miniconda3/4.12.0
  Mirage/2.0.0-GCCcore-11.2.0
  MuTect/1.1.7-Java-1.7.0_80
  MultiQC/1.12-foss-2021b
  MySQL/8.0.34-glibc2.28
  NASM/2.15.05-GCCcore-11.2.0
  NASM/2.15.05-GCCcore-11.3.0                         (D)
  NCCL/2.10.3-GCCcore-11.2.0-CUDA-11.4.1
  NGS/2.10.9-GCCcore-11.2.0
  NGS/2.11.2-GCCcore-11.2.0                           (D)
  NLopt/2.7.0-GCCcore-11.2.0
  NLopt/2.7.1-GCCcore-11.3.0                          (D)
  NSPR/4.32-GCCcore-11.2.0
  NSS/3.69-GCCcore-11.2.0
  NVHPC/22.11-CUDA-11.7.0
  NVHPC/23.1-CUDA-12.0.0                              (D)
  Nextflow/22.10.6
  Ninja/1.10.2-GCCcore-11.2.0
  Ninja/1.10.2-GCCcore-11.3.0                         (D)
  ORCA/5.0.3-gompi-2021b
  OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
  OpenBLAS/0.3.18-GCC-11.2.0
  OpenBLAS/0.3.20-GCC-11.3.0                          (D)
  OpenBabel/3.1.1-gompi-2021b
  OpenCV/4.5.5-foss-2021b-contrib
  OpenEXR/3.1.1-GCCcore-11.2.0
  OpenJPEG/2.4.0-GCCcore-11.2.0
  OpenJPEG/2.5.0-GCCcore-11.3.0                       (D)
  OpenMM/7.5.1-foss-2021b-DeepMind-patch
  OpenMPI/4.1.2-GCC-11.2.0-pmi2
  OpenMPI/4.1.2-GCC-11.2.0
  OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
  OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0                            (D)
  OpenPGM/5.2.122-GCCcore-11.2.0
  OpenSSL/1.1
  OrthoFinder/2.5.4-foss-2021b
  PAML/4.9j-GCCcore-11.2.0
  PCRE/8.45-GCCcore-11.2.0
  PCRE/8.45-GCCcore-11.3.0                            (D)
  PCRE2/10.37-GCCcore-11.2.0
  PCRE2/10.40-GCCcore-11.3.0                          (D)
  PLINK/2.00a4-GCC-11.2.0
  PLUMED/2.7.3-foss-2021b
  PLUMED/2.8.0-foss-2021b                             (D)
  PMIx/3.1.5-GCCcore-10.2.0
  PMIx/4.1.0-GCCcore-11.2.0
  PMIx/4.1.2-GCCcore-11.3.0
  PMIx/4.2.2-GCCcore-12.2.0                           (D)
  PROJ/8.1.0-GCCcore-11.2.0
  PROJ/9.0.0-GCCcore-11.3.0                           (D)
  PTarPmiR/0.1-foss-2021b-Python-3.9.6
  Pango/1.48.8-GCCcore-11.2.0
  Pango/1.50.7-GCCcore-11.3.0                         (D)
  Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0-minimal
  Perl/5.30.0-GCCcore-8.3.0
  Perl/5.32.0-GCCcore-10.2.0-minimal
  Perl/5.32.0-GCCcore-10.2.0
  Perl/5.34.0-GCCcore-11.2.0-minimal
  Perl/5.34.0-GCCcore-11.2.0
  Perl/5.34.1-GCCcore-11.3.0-minimal
  Perl/5.34.1-GCCcore-11.3.0
  Perl/5.36.0-GCCcore-12.2.0                          (D)
  Phobius/1.01-GCCcore-11.2.0-Perl-5.34.0
  Phrap/0.990329-foss-2021b
  Phred/0.071220.c-foss-2021b
  Pillow/8.3.2-GCCcore-11.2.0
  Pilon/1.23-Java-11
  PnetCDF/1.12.3-gompi-2021b
  PyBioLib/1.1.988-GCCcore-11.3.0
  PyQt5/5.15.4-GCCcore-11.2.0
  PyRosetta/4.release-339-GCCcore-11.2.0-Python-3.9.6
  PyTorch/1.12.1-foss-2021b-CUDA-11.4.1
  PyYAML/5.4.1-GCCcore-11.2.0
  PyYAML/6.0-GCCcore-11.2.0
  PyYAML/6.0-GCCcore-11.3.0                           (D)
  Pysam/0.17.0-GCC-11.2.0
  Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0-bare
  Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
  Python/3.7.4-GCCcore-8.3.0
  Python/3.9.6-GCCcore-11.2.0-bare
  Python/3.9.6-GCCcore-11.2.0
  Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0-bare
  Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0                        (D)
  QUAST/5.0.2-foss-2021b
  Qhull/2020.2-GCCcore-11.2.0
  Qt5/5.15.2-GCCcore-11.2.0
  QuantumESPRESSO/7.1-foss-2021b
  Qwt/6.2.0-GCCcore-11.2.0
  R/4.1.2-foss-2021b
  R/4.2.1-foss-2021b
  R/4.2.1-foss-2022a                                  (D)
  RAxML/8.2.12-gompi-2021b-hybrid-avx2
  RDKit/2022.03.5-foss-2021b
  RE2/2022-02-01-GCCcore-11.2.0
  RECON/1.08-GCC-11.2.0
  RMBlast/2.11.0-gompi-2021b
  RMBlast/2.13.0-gompi-2021b                          (D)
  RSEM/1.3.3-foss-2021b
  RSEM/1.3.3-foss-2022a                               (D)
  Racon/1.5.0-GCCcore-11.2.0
  RapidJSON/1.1.0-GCCcore-11.2.0
  RepeatMasker/4.1.2-p1-foss-2021b
  RepeatMasker/4.1.4-foss-2021b                       (D)
  RepeatModeler/2.0.2a-foss-2021b
  RepeatModeler/2.0.3-foss-2021b
  RepeatModeler/2.0.4-foss-2021b                      (D)
  RepeatProfiler/1.1-foss-2021b
  RepeatScout/1.0.6-GCC-11.2.0
  Rosetta/2022.46.334-intel-2021b
  Ruby/3.0.5-GCCcore-11.2.0
  Rust/1.54.0-GCCcore-11.2.0
  Rust/1.60.0-GCCcore-11.3.0                          (D)
  SAMtools/0.1.20-GCC-11.2.0
  SAMtools/1.6-GCC-11.2.0
  SAMtools/1.14-GCC-11.2.0
  SAMtools/1.16.1-GCC-11.3.0                          (D)
  SCons/4.2.0-GCCcore-11.2.0
  SEPP/4.5.1-foss-2021b
  SLATEC/4.1-GCC-11.2.0
  SMRT-Link/12.0.0.177059-cli-tools-only
  SNAP-HMM/20190603-GCC-11.2.0
  SNAP/2.0.1-GCC-11.2.0
  SPAdes/3.15.3-GCC-11.2.0
  SPAdes/3.15.5-GCC-11.2.0-kmer300
  SPAdes/3.15.5-GCC-11.2.0                            (D)
  SQANTI3/5.1.1
  SQLAlchemy/1.4.42-foss-2021b-Python-3.9.6
  SQLite/3.29.0-GCCcore-8.3.0
  SQLite/3.36-GCCcore-11.2.0
  SQLite/3.38.3-GCCcore-11.3.0                        (D)
  SRA-Toolkit/3.0.1-centos_linux64
  SRA-Toolkit/3.0.3-gompi-2022a                       (D)
  SSW/1.1-GCCcore-11.2.0
  STAR/2.7.10b-GCC-11.2.0
  STAR/2.7.10b-GCC-11.3.0                             (D)
  SWIG/4.0.2-GCCcore-11.2.0
  Salmon/0.8.2
  Salmon/1.9.0-GCC-11.2.0
  Salmon/1.9.0-GCC-11.3.0                             (D)
  ScaFaCoS/1.0.1-foss-2021b
  ScaLAPACK/2.0.2-gompi-2019b
  ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021b-fb
  ScaLAPACK/2.2.0-gompi-2022a-fb                      (D)
  SciPy-bundle/2021.10-foss-2021b-Python-2.7.18
  SciPy-bundle/2021.10-foss-2021b
  SciPy-bundle/2022.05-foss-2021b
  SciPy-bundle/2022.05-foss-2022a                     (D)
  SeqKit/0.16.1
  SeqKit/2.3.1                                        (D)
  SeqLib/1.2.0-GCC-11.2.0
  Serf/1.3.9-GCCcore-11.2.0
  Shapely/1.8.2-foss-2021b
  ShortStack/4.0.1-foss-2021b-Perl-5.34.0
  SignalP/4.1f-GCCcore-11.2.0
  SignalP/5.0b-Linux
  SignalP/6.0g-GCCcore-11.2.0-slow-sequential         (D)
  Stacks/2.62-foss-2021b
  StringTie/2.2.1-GCC-11.2.0
  Structure/2.3.4-GCC-11.2.0
  Subread/2.0.3-GCC-11.2.0
  Subversion/1.14.1-GCCcore-11.2.0
  SuiteSparse/5.10.1-foss-2021b-METIS-5.1.0
  Szip/2.1.1-GCCcore-11.2.0
  Szip/2.1.1-GCCcore-11.3.0                           (D)
  TMHMM/2.0c-GCCcore-11.2.0-Perl-5.34.0
  TRF/4.09.1-GCCcore-11.2.0
  TWL-NINJA/0.97-cluster_only-GCC-11.2.0
  TWL-NINJA/0.98-cluster_only-GCC-11.2.0              (D)
  Tcl/8.6.9-GCCcore-8.3.0
  Tcl/8.6.11-GCCcore-11.2.0
  Tcl/8.6.12-GCCcore-11.3.0                           (D)
  TensorFlow/2.7.1-foss-2021b-CUDA-11.4.1
  TensorFlow/2.11.0-foss-2022a                        (D)
  Theano/1.1.2-foss-2021b-PyMC
  Tk/8.6.11-GCCcore-11.2.0
  Tk/8.6.12-GCCcore-11.3.0                            (D)
  Tkinter/2.7.18-GCCcore-11.2.0
  Tkinter/3.9.6-GCCcore-11.2.0                        (D)
  TransDecoder/5.5.0-GCC-11.3.0
  TransDecoder/5.7.0-GCC-11.3.0                       (D)
  Transrate/1.0.3
  TreeMix/1.13-GCC-11.2.0
  Trim_Galore/0.6.7-GCCcore-11.2.0
  Trimmomatic/0.39-Java-13
  Trinity/2.15.1-foss-2021b
  Trinity/2.15.1-foss-2022a                           (D)
  Trinotate/4.0.1-foss-2022a
  UCC/1.0.0-GCCcore-11.3.0
  UCC/1.1.0-GCCcore-12.2.0                            (D)
  UCLUST/1.2.22q-i86linux64
  UCX-CUDA/1.11.2-GCCcore-11.2.0-CUDA-11.4.1
  UCX-CUDA/1.12.1-GCCcore-11.3.0-CUDA-11.7.0          (D)
  UCX/1.9.0-GCCcore-10.2.0
  UCX/1.11.2-GCCcore-11.2.0
  UCX/1.12.1-GCCcore-11.3.0
  UCX/1.13.1-GCCcore-12.2.0                           (D)
  UDUNITS/2.2.28-GCCcore-11.2.0
  UDUNITS/2.2.28-GCCcore-11.3.0                       (D)
  UMI-tools/1.1.2-foss-2021b-Python-3.9.6
  USEARCH/11.0.667-i86linux32
  UnZip/6.0-GCCcore-11.2.0
  UnZip/6.0-GCCcore-11.3.0                            (D)
  Unicycler/0.5.0-gompi-2021b-Python-3.9.6
  Unicycler/0.5.0-gompi-2021b                         (D)
  VCFtools/0.1.16-GCC-11.2.0
  VEP/105-GCC-11.2.0
  VSEARCH/2.22.1-GCC-11.2.0
  VTK/9.1.0-foss-2021b
  Velvet/1.2.10-GCC-11.2.0-mt-kmer_191
  ViennaRNA/2.5.1-foss-2021b
  Voro++/0.4.6-GCCcore-11.2.0
  WEKA/3.8.6-Java-1.8.0_241
  WPS/4.4-foss-2021b-dmpar
  WRF-Chem-KPP/4.4.2-foss-2021b-dmpar
  WRF-Chem/4.4.2-foss-2021b-dmpar
  WRF/4.3-foss-2021b-dmpar
  WRF/4.4.2-foss-2021b-dmpar                          (D)
  WU-Blast/2.2.6-GCC-11.2.0
  X11/20210802-GCCcore-11.2.0
  X11/20220504-GCCcore-11.3.0                         (D)
  XML-Compile/1.63-GCCcore-11.2.0
  XML-LibXML/2.0207-GCCcore-11.2.0
  XZ/5.2.4-GCCcore-8.3.0
  XZ/5.2.5-GCCcore-10.2.0
  XZ/5.2.5-GCCcore-11.2.0
  XZ/5.2.5-GCCcore-11.3.0
  XZ/5.2.7-GCCcore-12.2.0                             (D)
  XlsxWriter/3.0.8-GCCcore-11.3.0
  Xvfb/1.20.13-GCCcore-11.2.0
  Xvfb/21.1.3-GCCcore-11.3.0                          (D)
  Yasm/1.3.0-GCCcore-11.2.0
  Z3/4.8.12-GCCcore-11.2.0
  ZeroMQ/4.3.4-GCCcore-11.2.0
  Zip/3.0-GCCcore-11.2.0
  Zip/3.0-GCCcore-11.3.0                              (D)
  angsd/0.940-GCC-11.2.0
  annovar/20200607-GCCcore-11.2.0-Perl-5.34.0
  ant/1.10.11-Java-11
  ant/1.10.12-Java-11                                 (D)
  archspec/0.1.3-GCCcore-11.2.0
  argtable/2.13-GCCcore-11.2.0
  aria2/1.36.0-GCCcore-11.2.0
  arpack-ng/3.8.0-foss-2021b
  at-spi2-atk/2.38.0-GCCcore-11.2.0
  at-spi2-atk/2.38.0-GCCcore-11.3.0                   (D)
  at-spi2-core/2.40.3-GCCcore-11.2.0
  at-spi2-core/2.44.1-GCCcore-11.3.0                  (D)
  attr/2.5.1-GCCcore-11.2.0
  bam-readcount/0.8.0-GCC-11.2.0
  barrnap/0.9-gompi-2021b
  bcbio-gff/0.7.0-foss-2021b
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  prodigal/2.6.3-GCCcore-11.3.0                       (D)
  protobuf-python/3.17.3-GCCcore-11.2.0
  protobuf-python/3.19.4-GCCcore-11.3.0               (D)
  protobuf/3.17.3-GCCcore-11.2.0
  protobuf/3.19.4-GCCcore-11.3.0                      (D)
  purge_dups/1.2.5-foss-2021b
  pyBigWig/0.3.18-foss-2021b
  pybedtools/0.8.2-GCC-11.2.0
  pybind11/2.7.1-GCCcore-11.2.0-Python-2.7.18
  pybind11/2.7.1-GCCcore-11.2.0
  pybind11/2.9.2-GCCcore-11.3.0                       (D)
  pytest-xdist/2.5.0-GCCcore-11.2.0
  python-isal/0.11.1-GCCcore-11.2.0
  python-isal/1.1.0-GCCcore-11.2.0                    (D)
  re2c/2.2-GCCcore-11.2.0
  scikit-bio/0.5.7-foss-2021b
  scikit-build/0.11.1-GCCcore-11.2.0
  scikit-image/0.19.1-foss-2021b
  scikit-learn/1.0.1-foss-2021b
  scikit-optimize/0.9.0-foss-2021b
  seqtk/1.3-GCC-11.2.0
  smithwaterman/20160702-GCCcore-11.2.0
  snappy/1.1.9-GCCcore-11.2.0
  snappy/1.1.9-GCCcore-11.3.0                         (D)
  spaln/2.4.12-GCC-11.2.0
  sparsehash/2.0.4-GCCcore-11.2.0
  spglib-python/1.16.3-foss-2021b
  statsmodels/0.13.1-foss-2021b
  tRNAscan-SE/2.0.12-foss-2021b
  tRNAscan-SE/2.0.12-GCC-11.2.0                       (D)
  tabixpp/1.1.0-GCC-11.2.0
  tbb/2020.3-GCCcore-11.2.0
  tbb/2021.5.0-GCCcore-11.3.0                         (D)
  tcsh/6.24.01-GCCcore-11.2.0
  time/1.9-GCCcore-11.2.0
  tqdm/4.62.3-GCCcore-11.2.0
  typing-extensions/3.10.0.2-GCCcore-11.2.0
  ucsc/434
  ucsc/443                                            (D)
  utf8proc/2.6.1-GCCcore-11.2.0
  util-linux/2.37-GCCcore-11.2.0
  util-linux/2.38-GCCcore-11.3.0                      (D)
  wget/1.21.3-GCCcore-11.3.0
  x264/20210613-GCCcore-11.2.0
  x265/3.5-GCCcore-11.2.0
  xorg-macros/1.19.2-GCCcore-8.3.0
  xorg-macros/1.19.2-GCCcore-10.2.0
  xorg-macros/1.19.3-GCCcore-11.2.0
  xorg-macros/1.19.3-GCCcore-11.3.0
  xorg-macros/1.19.3-GCCcore-12.2.0                   (D)
  xprop/1.2.5-GCCcore-11.2.0
  xxd/8.2.4220-GCCcore-11.2.0
  zlib/1.2.11-GCCcore-8.3.0
  zlib/1.2.11-GCCcore-10.2.0
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  zlib/1.2.11
  zlib/1.2.12-GCCcore-11.3.0
  zlib/1.2.12-GCCcore-12.2.0
  zlib/1.2.12                                         (D)
  zstd/1.5.0-GCCcore-11.2.0
  zstd/1.5.2-GCCcore-11.3.0                           (D)